L'estructura de navegació del Portal de l'Agencia para el Aceite de Oliva es divideix en quatre blocs clarament diferenciats:
1. Capçalera
A dalt a l'esquerra hi ha el logotip del Ministeri d'Agricultura, Pesca i Alimentació, junt amb un fons d'imatges d'olives amb la indicació d'Agencia para el Aceite de Oliva. A la part superior de les esmentades imatges es troba la possibilitat de selecció d'idioma, així com l'accés al mapa del web, al contacte amb l'AAO o al cercador de documents publicats.
Des de qualsevol pàgina secundària, es visualitzarà així mateix a la part superior, corresponent a la capçalera, un accés denominat inici que porta a la Pàgina Principal des de qualsevol pàgina interna en la qual s'estigui navegant.
2. Part Central
A la part esquerra es mostra una imatge identificativa de l'activitat de l'AAO, i a la part immediatament a la seva dreta es mostra una sèrie d'icones que permeten l'enllaç ràpid a les opcions següents:
o Calendari d'obligacions: mostra el calendari de les diferents obligacions de les Indústries del sector de l'oli d'oliva i l'oliva de taula.
o Grups de treball: permet l'accés a una aplicació específica que té aquest nom, perquè la usin els diferents membres dels Grups de treball determinats per l'AAO per al desenvolupament de les seves funcions, informació al sector, etc.
o Enllaços: permet l'accés directe a altres pàgines web del sector a través del portal de l'AAO
o Contacte: permet l'accés directe a les dades de contacte de l'AAO, així com a apartats específics de Bústia de Consultes/Suggeriments i Resposta a Preguntes més freqüents.
A la part dreta es mostra l'apartat Novetats, que mitjançant un desplegable permet l'accés a totes les novetats publicades i se n'amplia la informació.
3. Menú Principal / Continguts
En aquesta part de la pàgina trobarem el segon i tercer nivells de navegació clarament diferenciats pel color de fons. Cada vegada que accedim a una opció del primer nivell de navegació, s'accedeix a una pàgina secundària del portal que permet visualitzar tots els continguts referent a l'esmentada opció (en un menú al lateral esquerre), així com els submenús associats, o menús de segon nivell. A la part superior de la pàgina secundària es mantindrà la Capçalera del portal, l'accés als mòduls principals del portal, així com una imatge específica de l'apartat a la part superior/esquerra.
4. Peu de pàgina
En el peu de pàgina trobem en primer lloc el Copyright de la web, uns accessos directes a continguts del tipus: Avís legal i notes sobre Accessibilitat, així com l'enllaç a aquesta pàgina de Guia de navegació.